郑皆连一直心系母校发展，2004年，郑皆连受聘为我校特聘教授，为我校组建科技创新团队，领导团队成员从事科研、学科建设及人才培养等工作。在聘任仪式上，郑皆连动情地说：“学校教育、培养我成才，我对母校深怀感情，作为校友，我非常乐意，也应该为母校的建设和发展作出贡献，为祖国的桥梁事业培养更多更优秀的人才。”
十六年来，即使再忙，郑皆连每年都要往返母校数次，为学校发展不遗余力，听汇报、出主意、想办法，从带领团队成员开展科研工作，到指导学校重点科研平台的建设发展大计，再到为学校科技创新成果转化出谋划策，时时闪耀着大智慧的光芒，无不饱含着对母校的深情厚谊。
作为山区桥梁与隧道国家重点实验室培育基地学术委员会主任，每年组织召开学术委员会，为实验室建设与发展把脉定方向。
2017年，山区桥梁与隧道国家重点实验室培育基地在双福校区有了“新地盘”，郑皆连院士非常高兴，冒着酷暑现场指导国家重点实验室建设。
2018年11月， 我校承办了山区交通基础设施长期性能与安全国际会议，郑皆连是大会主席，在他的组织下，12位院士参会，50多位长江学者、国家杰青、全国勘察设计大师莅临会议，7场院士报告，26场主题报告, 为我国山区交通基础设施长期性能与安全献上一场高端的学术盛宴。
2018年，学校参与了郑皆连主持的中国工程院重点咨询项目“提高进藏高速公路和铁路桥隧抗灾能力的深化战略研究”课题。2019年7月，作为实验室学术委员会主任委员郑皆连，参加了科技部基础司和重庆市科技局共同组织召开了省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室建设运行实施方案专家论证会。郑皆连表示，川藏铁路项目体量大（三千多亿），难度非常大，实验室需瞄准川藏项目，抓住重庆交通大学与川藏路的缘分，积极推动实验室建设。
2019年8月，为了指导我校沙漠生态恢复技术理论研究及成果转化，冒着高温酷暑，郑皆连等领导专家专程前往学校乌兰布和沙漠态恢复试验示范基地，年近80岁的他，走进田间地头，认真查看高粱、沙蒿等根系情况以及土豆、西瓜、番茄、萝卜等生长情况，详细了解试验项目，郑皆连对项目组指出，沙漠生态修复技术“造地”是一项为人类造福的技术。课题研究未来有“两条路”可走：一条是“科学研究”的理论与技术创新之路；另一条是“应用研发”的生产经营之路。建议聚焦科学问题深化研究，走“潘建伟、袁隆平”等科学家理论创新道路，创新成果服务于沙漠生态改造；技术成果转化要另辟蹊径，通过技术“造地”供给“土地产品”和“耕地指标”。
2019年9月，土木工程学院党委书记罗永梅、原院长周建庭一行前往郑皆连家中，看望郑院士及夫人周志英老师，转达了学校领导对郑院士、周老师的关心和和教师节的问候。在交谈中，罗永梅和周建庭代表学校感谢郑院士为母校重庆交通大学各项重要建设付出的艰辛努力和大力支持。郑皆连就省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室下一步的建设和发展等方面提出了很好的建议和指导，愿意将配合学校依托省部共建山区桥梁及隧道国家重点实验室设立院士工作站，为国家重点实验室的发展贡献自己的一份力量。他希望学校能抓住川藏铁路的建设机遇，充分发挥国家重点实验室的作用，进一步聚焦特大跨拱桥和峡谷条件下快速桥梁建造技术两大方向开展研究，稳定科研队伍，发扬铺路石精神，积极参与到川藏铁路重大科研项目中。
2019年12月，“世界大跨度拱桥建设技术大会”召开，作为大会主席，郑皆连邀请学校与同济大学、东南大学等单位协同承办了此次桥梁届的盛宴。19位中国工程院院士，以及中外专家、学者，与来自有关业务主管部门、国内外有关高校、科研院所和企业的300多名专家代表一道，齐聚一堂，共襄盛会，共同探讨大跨度拱桥设计与施工、拱桥结构监测与评估、拱桥维护加固、拱桥可持续发展以及新材料、新工艺和新装备在拱桥中的应用等问题，分享相关研究的前沿动态和卓越成果。
作为山区桥梁与隧道国家重点实验室培育基地学术委员会主任，郑皆连为了这个国家级平台付出巨大的努力和心血，2019年，该实验室的郑皆连、顾安邦、周建庭、周志祥、周水兴五位桥梁学科教授同时获得了“庆祝中华人民共和国成立七十周年”纪念章，意义深远。今年3月，省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室正式获科技部与重庆市政府联合批准建设运行，标志着山区桥梁及隧道重大工程的建设维护理论和技术有了更加高端的科技平台支撑。
5月27日上午，校党委书记李天安、副校长周建庭率校党政办、产学研合作处、土木工程学院等部门负责人赴广西大学调研，并专程看望了郑皆连院士。郑皆连院士感谢母校和广西大学多年来对他的信任和支持，介绍了在建的即将刷新世界最大跨度拱桥记录的“平南三桥”的设计和建设情况。该桥是荔浦至玉林高速公路平南北互通连接线上跨越浔江的一座特大桥，为中承式钢管拱桥，全长1035米，主桥575米，建成后将成为世界第一跨度拱桥。该桥的设计克服了多项重大技术难点，首次实现了特大跨径拱桥桥台置于卵石层上，创建了“圆形地连墙+卵石层注浆加固”的大跨拱桥基础设计和处理方法，其科技含量之高、制造过程之精密、设计施工技术之尖端，是世界同类型桥梁之最，将开创在不良地质条件下修建大跨径钢管混凝土拱桥的历史，对推动大跨径钢管混凝土拱桥的应用及发展具有重要的意义。郑皆连指出，我国正从桥梁大国向桥梁强国迈进，但在桥梁设计和施工的智能化方面依旧存在一定短板，希望两校充分发挥各自优势，整合汇聚两校国家级科研平台的资源，共同组建科研创新团队，加强在“平南三桥”、“天湖大桥”以及其它重大工程项目上的科技攻关协作，为我国实现从桥梁大国到桥梁强国的转型贡献力量。郑皆连院士希望两校加强在川藏铁路建设重大难题和关键技术的攻关合作，并希望广西大学海洋学院积极探索与重庆交大“沙漠土壤化”生态恢复技术成果的深度合作。